Não estou usando o KDE, Nilson15, mas ele tem um funcionamento realmente um pouco diferente do GNOME.
Quando você seleciona um dos desktops virtuais, seu ambiente é direcionado para aquele desktop, no entanto, sua barra de tarefa é única em todos os desktops. Daí a impressão dele ter minimizado as janelas, quando na verdade, elas estão do mesmo jeito que você deixou. Ou seja, como a barra de tarefas é única para todos, você tem visível todas as janelas dos demais desktops na própria barra. Sei que isso é meio chato, e não me recordo se é contornável com alguma configuração.
Espero que tenha ajudado!