Li e não entendi.
O emerald decora as janelas substituindo o metacity. O resto (barras, painéis etc.) é decorado pelo tema GTK escolhido.
E o Compiz-Fusion funciona com os dois, bastando escolher pelo fusion-icon (a melhor opção) ou pelo terminal:
metacity --replace &
emerald --replace &
Dito isso, dá para explicar melhor?