vc pode associar os arquivos .exe para abrirem direto no wine, assim funcionaria o clique duplo em cima de qualquer arquivo .exe ..... Maaaaaassss vc fazendo isso, caso ocorra de o programa não abrir por falta de alguma .dll, vc não vai ficar sabendo, pois ele mostra as mensagens de erro somente no terminal. Pois isso eu aconselho vc usar terminal para saber se o programa que vc esta querendo usar funciona sem erros, e depois que os erros (causados por falta de dll) forem solucinados, ai sim vc pode colocar o programa no menu..