Não sei muito sobre desenvolvimento em java, mas sei que jre (Java Runtime Environment) serve apenas para rodar programas feitos em java. Para desenvolver programas em java você precisa da versão SDK.
Alguém que programa em java pode lhe informar com mais detalhes, mas lhe adianto que não basta ter o JRE.
Como IDE certamente o Eclipse é uma excelente escolha. Já o usei para C++ e se ele é bom para C++ deve ser melhor ainda para java.