Meu trabalho no curso é justamente sobre o Samba, mas eu ainda não sei muito sobre ele... Dá uma pesquisada aqui no fórum, deve ter alguma coisa sobre o Samba; se isto ajudar, você tem que adicionar os usuários do Windows ao Samba (não necessariamente com o mesmo nome, mas com login e senha na máquina Linux, aí acho que dá para acessar). Pelo menos foi assim que fiz em casa, entre minha máquina virtual e o Ubuntu.