Estou com um problema aqui aparentemente é com o link para o header do Kernel.
Mesmo eu gerando e instalando o source e o header do Kernel (compilei o kernel 2.6.28-5), em algum lugar fica faltando o update do link do Header, assim eu rodo o kernel 2.6.28-5 mas se alguma instalação, caso os drivers da ATI, Webcam e etc ... que precisam adicionar algum modulo, acabam procurando o Header do kernel Generic.
Outro problema é o arquivo modules.dep (lib/modules/2.6.28-5), quando inicializo com o kernel compilado, acusa que não pode ler o modules.dep, mesmo que este arquivo exista.
Procurei alternativas mas até agora nada feito.