Bem, é meio complicado. Mas vamos ver o que dá pra olhar.
Primeiro, suas configurações estão quase todas no seu diretório /home/SEU-USUARIO, dentro de diretórios/arquivos começados com um . (ponto). Então se fizer um backup deste diretório provavelmente fará também um backup das configurações.
Agora seus pacotes é um outro problema. Primeiro, seu ubuntu 7.04 é 64 bits também?
Mesmo sendo 64 bits os pacotes usados no Feisty não serão necessariamente aqueles usados no Gutsy. Então neste caso eu sugiro mesmo fazer um backup de sua HOME e partir para uma atualização, assim o Ubuntu será atualizado, junto com os pacotes que instalou posteriormente, e apenas aqueles que ele não conseguir atualizar serão perdidos.
-- EDIT --
Configurações de squid, firewall, e etc não estão dentro de sua HOME, então você deveria detalhar bem o que fez de configuração que não pode perder, porque cada caso é um caso.