Oi gente valeu pela atenção.
Os dois OS estão instalados no mesmo HD e em partições primarias diferentes, a do Windows em NTFS e a do Ubuntu em Reseirfs e uma terceira partição no mesmo HD com os documentos.
e que eu me lembre os dois não estão compartilhando mesmo arquivos.
Sobre trabalhar no windows com gerenciamento de energia eu desativo isso no meu Windows, que no casa é um Desktop, e no Ubuntu também estava desativado.
Sim eu testei ele com Corel X3 aberto e o Photoshop CS2 algo que já faria o windows aumentar a freqüência do processador.
Realmente é estranho, será quie o Ubuntu mudou algo na minha Bios p/ economizar energia?
Valeu ai pela atenção!