Amigo, o principal conselho é: faça um backup de seus arquivos importantes.
Embora erros no processo de reparticionamento (tirar espaço de uma partição Windows para criar uma, ou duas, para o Ubuntu) sejam raros (menos de 1%, penso eu), eles podem ocorrer, inutilizando arquivos e até mesmo o próprio Windows.
No seu caso (duas partições Windows), o Windows deve estar em "C" e seus documentos/arquivos pessoais em "D" (boa política, já que reinstalar o Windows não prejudica seus documentos/arquivos pessoais). Então, use "C" para backup (mova para lá seus documentos/arquivos pessoais) e reparticione "D", pois assim o risco chega próximo de 0%.
Finalmente, o único jeito que conheço de instalar o Ubuntu exige que ele seja gravado em CD. Apenas preste atenção ao fato de que é necessário gravá-lo como "imagem de disco" e não como "dados", sendo que a última versão do "Live CD" (ou Desktop CD) do Ubuntu deve ser usada para instalar em máquinas com 512 MB ou mais de RAM.
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