Master
No meu aqui em casa uso pela USB! Apesar de dispositivos USB serem montados como Sda, sdb, etc... para o sistema eles também entram como hdx.
Se você estiver com apenas 1 HD interno, seu HD externo será hd1. No entanto a partir do momento em que você deu o boot pelo disco Usb ele passa a ser considerado hd0 novamente. Na minha opinião deveria estar funcionando.
Se tiver home em partição separada, faça como eu, instale novamente o sistema.
Para esta instalação é só colocar o liveCD e no passo a passo do instalador, na última tela tem um botão Avançado. Clicando nele antes de iniciar a cópia de arquivos aparecerá hd0. Troque para hd1 para que ele instale na gaveta usb.
Terminada a instalação, entre na pasta /boot/grub. Lá encontrará um arquivo menu.lst. entre nele como root final do arquivo, onde ficam as opções de boot, no kernel hd(1,5) por exemplo mude para (0,5).
Como isso você apesar de ter instalado como hd1 para ir para usb, a partir do momento em que você dá o boot pelo usb ele passa a ser 0. Daí a necessidade de troca de 1 para 0 no menu do Grub.
Espero ter sido claro.
Qualquer dúvida post novamente.
Abrs.
Junior