Sem dúvida o seu problema é de Hardware, e não de Software!
Além do HD, que já deve estar pedindo água, a sua fonte tá boa também? Um dos sinas de fonte ruim é que o HD começa a apresentar corrompimento de dados do nada!
"Para verificar se o HD não possui setores defeituosos, deixe o sistema terminar o boot, abra um terminial e digite "sudo badblocks /dev/hda1". Este teste demora uns 20 minutos num HD de 40 GB. Durante o teste não é exibido nenhum indicador de progresso, mas ele vai avisando dos setores defeituosos que encontrar pelo caminho. O HD está bom se o teste for concluído sem nenhuma mensagem de erro."
Fonte: Guia do Hardware.
Té+