Que eu saiba o aptitude remove só funciona melhor que o apt-get quando ele é usado para instalação também. Ou seja, se vc instalar o ubuntu-desktop usando aptitude install ubuntu-desktop, ele irá instalar tudo com todas as dependências. E quando usar aptitude remove ubuntu-desktop, ele irá remover tudo com todas as dependências, mas caso vc use o comando sem ter instalado usando ele, ele se comportará exatamente como o apt-get, ou seja, deixando as dependências. me corrijam se estiver errado, mas é essa a experiência que tenho.