Você usa os efeitos do compiz fusion, ouvi dizer que o java tem conflitos com ele, então pode ser isso.
Não sei se estes conflitos já foram solucionados, mas para fazer um teste desabilite o mesmo e veja de o programa em questão funciona normalmente.
Qual é o resultado do comando:
java -version
dado no terminal
o link chamado de java que se encontra em /usr/bin deve estar apontando para /user/lib/jvm/java-6-sun/jre/bin/java se você estiver usando o java-6-sun.
OBS: o comando é
sudo update-alternatives --config java
e não
update-alternatives --config java
como você fez por sem ser como root não se permite mudar por negação de permissões, mas aparentemente está normal.