Marcio,
Primeiramente você pode testá-lo utilizando o wine. Se rodar direitinho, nem precisa se preocupar mais.
Se não funcionar, você ainda pode utilizar o virtualBox, com um Ruindows rodando nele.
Você sabe se esse programa utiliza banco de dados próprio, ou outro externo, etc...
Já vi muitos que utilizam MS SQL-SERVER, aí não dá...