Pelo visto há mil formas de fazer a mesma coisa no Ubuntu/Gnome.
Eu faço tudo sem usar o terminal. Abro o Nautilus como root usando a senha de sudo no "Executar como outro usuário" e lá simplesmente copio os meus diretórios .themes e .icons da minha pasta pessoal (Home). Evidente que para achar os diretórios eu simplesmente ativo o "Exibir arquivos ocultos" do menu "Ver" do Nautilus.
No fundo, é até mais operoso que digitar os comandos apropriados no shell, mas como o usuário final quase sempre esquece os tais "comandos apropriados", pode servir...