kcnp como não sou chegado no KDE então nunca fiz isto que você fez, mas presumo que esteja normal, infelizmente.
Entenda que os dois sistemas estão gravando dados na sua HOME, então existirá conflitos mesmo, como o do firefox, por exemplo.
Não sei se tem como você evitar isto, mas quem já passou por isto com certeza vai te ajudar.
Talvez se tivesse dois usuários, e com um só acessasse o KDE, e com o outro apenas o gnome, com certeza os problemas seriam menores, mesmo assim haja dor de cabeça para.
[]'s
Cristiano