Clicando com o direito do mouse nos applets e ícones do painel vc tem as opções "travar ao painel" e "mover".
Elas permitem que vc organize o painel como quiser, lembrando apenas que vc não poderá mover um sobre outro que esteja "travado ao painel".
Portanto, destrave tudo, mova como quiser e depois trave, pois a ordem será mantida quando vc retomar o Gnome na próxima sessão.
Até.