FLAC ou WAVE?
Wave, não conhece o FLAC (desculpa minha ignorância)
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OGM ou MKV?
MKV, Código Aberto e Livre. O container mais poderoso que já usei e encodei, não tem nem comparação para outros containers, na minha opinião claro, só perde para o VOB™ e Blu-Ray™
Além do poder de compactação-qualidade, ele aceita facilmente várias trilhas de áudio e legendas.
Porém os arquivos encodados para ele ficam um pouco maiores do que os encodados para DivX™ e AVI, mas a qualidade compensa.
Para vídeo com alta compressão e de qualidade média-baixa prefiro o OGG.
Recomendo o FLAC cara, também já mexi com esse formato e também é de Código Aberto e Livre e de qualidade soberba.
AWN ou Cairo Dock?