Se você desativar o serviço é óbvio que as notificações param. Sobre a dependência d Adept, se não reparou essa ferramenta é o Adept. Os aplicativos do Ubuntu são sempre considerados mais novos é por isso que ele avisa. O Adept não é um gerenciador bom, pelo menos na minha opinião; Eu detesto essa "Atualização automática" prefiro que ela seja feita quando eu mandar no Synaptic (o melhor gerenciador, na minha opinião, e brasileiro); A opção de ignorar alguma atualização, realmente não existe nele.
Outra coisa, uma ferramenta não ser boa não faz da interface ruim, se gosta deste notificador que vem por padrão no Gnome, instale e use, vai funcionar.
Para reabrir o notificador, abra a guia "Executar Comando..." ou um terminal e escreva:
$ adept_notifier
Assim que abrir, a primeira pergunta é se quer que ele inicie com o PC.
flws!