Não, não perde não, vc fode até formatar com fdisk que vc consegue recuperar, a única coisa que vc tem que ficar atento é o seguinte, as partições tem que ser as mesmas e as pastas que vc quer recuperar não podem estar na mesma partição de origem, por exemplo, se vc quiser recuperar a pasta Meus Documentos que esta na partição C:, vc só consegue restaura-las na partição D:.
Qq coisa estou a disposição.