Boa noite pmdmax!
Você precisa acessar sua BIOS e ver a sequência de boot dos discos, pois como você instalou o Ubuntu neste disco externo provavelmente você optou na instalação por "utilizar todo o disco", se for isso o grub foi gravado neste disco externo não alterando assim a inicialização do windows.
Altere na ordem de boot dos discos, colocando em primeiro o HD INTERNO (note que isso não tem nada a ver com a ordem de boot pelo CD, disquete, rede etc), essa opção vale somente quando você tem mais que um HD na máquina. Se o que estiver escrito acima for correto o grub nem será executado, entrará direto o boot padrão do windows.
Sugiro fortemente este teste antes de regravar o mbr.
Boa sorte!