Os programas do gnome usam a biblioteca GTK para fazer a interface gráfica.
Você pode usar a GTK com diferentes linguagens de programação.
O pacote a ser instalado depende da linguagem. Se for em C++ é a gtkmm, se for em python é a pygtk (já vem instalada), etc.. Seja qual for, você instala facilmente pelo synaptic.
Que linguagem vai usar?
ps: Esse tópico deveria ser postado em "Programação e Scripts" ao invés de Gnome e provavelmente algum moderador vai movê-lo para lá.