Caro batalhador do Linux, primeiramente temos que atentar que cada HD tem uma região que ele lê primeiro que é a MBR, onde da as informações do HD, partições etc.... Se vc tem o windows instalado dificilmente tera um gerenciador de boot (pois aponta direto para o windows, heheheh), que não interfere nas partições mas, diz onde elas estão, as distribuições do Linux que conheço adotam como Gerenciadores de Inicialização o GRUB ou LILO, que ficam na MBR, para vc escolher qual SO vai carregar. Se vc testar o Ubuntu pelo CD vc terá a opção de deixar seu windows do jeito que esta e acrescentar o Linux.