O comando que você criou pra criar o link tá correto, testei aqui.
Mas pra chamar o eclipse com alt+F2 não precisa criar atalho pra ele... se o arquivo estiver em algum dos diretórios do $PATH, basta chamar ele normalmente.
Talvez você esteja digitando o nome errado (Eclipse é diferente de eclipse, pro linux), ou talvez a pasta dele não esteja no path. Pra verificar, digita no terminal: $PATH
Pra acrescentar a pasta dele no path, você pode incluir no seu /home/<user>/.profile a linha:
PATH=${PATH}:/local/do/seu/eclipse
export PATH