Pra mim, o Linux é tudo de bom, mas ...
O que mais me irrita no Ubuntu:
1) O Brasero. Ele dá pau no meu laptop mas no meu desktop funciona. Além disso, ele "come" os nomes dos arquivos. Confesso que não fui atrás da solução e então não posso reclamar muito.
2) Minha web cam não funciona e, como parei de usar o Windows, também parei de usá-la. Isso é um porre.
O que mais me irrita no linux em geral:
3) A competição entre Debian, Fedora, Ubuntu, Mandriva, etc ... Por causa disso o sistema ainda vai demorar muito para "pegar". Na minha opinião, é a grande desvantagem em relação à M$.