Estou com problema semelhante, geralmente ocorre quando o equipamento fica ligado por um certo tempo sem que eu acione as teclas. Daí, quando volto, o funcionamento da CAPS LOCK está invertido. A solução apresentada pelo colega não fez nada aqui no meu equipamento. Uso um notebook Compaq Presario C750BR, com 2 GB de RAM, a versão do Linux é a Ubuntu 10.04 LTS - Lucid Lynx.
De já agradeço a colaboração da comunidade.