Seu server não esta bloqueado por que não esta passando mesmo pelo squid. Óbvio, afinal, o squid é aplicado as maquinas chegam pela placa DA rede do servidor (eth2 no seu caso), seu servidor esta conectado diretamente na internet, pela placa de rede DA internet (eth1), o squid não se aplica a ela, pois as requisições do servidor para a internet não passam pela eth2, saem direto pela eth1, por isso, por fora do squid. Seguindo essa lógica, vc sabe que a internet, no servidor, antes de sair pela eth1 precisa "dar um passo para traz" e passar pelo proxy, para depois, sair pela eth1. Se vc entende mais ou menos isso, já é meio caminho andado, o importante é a lógica, os comandos decoramos, a lógica, não.
Por isso, se configurar o proxy no browser do servidor, ele passara pelo squid. mas ai, o proxy não seria transparente.
O funcionario pode retirar o proxy e contornar isso, nesse caso, vou dar uma dica e, se der certo, faça o linux carregar na inicialização esses comandos.
No terminal, digite:
export http_proxy=http://200.200.200.1:3128
export ftp_proxy=http://200.200.200.1:3128
com isso, as conexões http e ftp do servidor devem ser jogada no squid e estarão sujeito as suas regras, eu particularmente, nunca precisei bloquear o servidor de internet, mas pela lógica, isso deve funcionar.
Se o proxy tiver autenticação, os comandos mudam para:
http_proxy=http://usuario:senha@200.200.200.1:3128
ftp_proxy=http://usuario:senha@200.200.200.1:3128
mas esse não é o seu caso, mas como esta estudando, é bom saber.
Com relação a proxy transparente, as vezes, esta seguindo um tutorial que não condiz com a versão do squid que usa, se for o caso, utilize-o como base, mas não o siga fielmente.
vc deu esse comando no terminal:
iptables -t nat -A PREROUTING -i eth2 -p tcp --dport 80 -j REDIRECT --to-port 3128
não vi vc cita-lo, nem citar nada parecido, e ele é importante, sem esse comando, o proxy transparente não pode rodar, no seu caso, eth2 é a placa da rede interna do servidor, ele vai redirecionar as requisições da porta 80 para o squid.
Dica: Leia atentamente os comandos, enteda-os 100%, entenda seus parametros (-t, -p, -i...), do contrario, seu estudo não valerá nada. Apesar de ter deixado-os bem mastigados, é só copiar e colar no terminal.
Uma abraço