Você precisa excluir as partições do Ubuntu e criar as partições do DOS/Windows no lugar. Isso pode ser feito de muitas formas, até pelo livecd do Ubuntu, por um disquete de boot do Windows, com o utilitário fdisk, ou por programas como o Partition Magic. Se quiser voltar a utilizar o Ubuntu, deixe um espaço livre ao criar a partição para o Windows.
Sobre o CD do Windows não dar boot, o boot pelo cd é definido na BIOS. Mas se o boot está funcionando com o cd do Ubuntu, vai funcionar também como o do Windows. A não ser que seu cd do Windows seja piratex e tenha sido gravado de forma errada.