talvez um simples comando dd funcione:
# dd if=/dev/sda of=/dev/sdb
Onde:
"sda" é o drive de origem, e o "sdb" é o drive de destino.
Vale lembrar que este comando deve ser executado pelo live-cd, pois nunca vi ninguem que clonou o hd com o sistema rodando.
Para restaurar o grub(se nao for restaurado automatico) é facil:
Pelo live-cd digite os seguintes comandos:
$ sudo grub
root (hd0,0)
onde (hd0,0) é a partição onde está a pasta "boot", ou seja sda1 é hd0,0; sdb2 é hd1,1, e por ai vai...
setup hd0
onde hd0 é o hd onde o grub será instalado, por exemplo sda é hd0, e sdb é hd1.
espero ter ajudado.
fui