É bem mais seguro que o Windows, mas é bom ter cuidado com certas coisas que nem têm a ver com sistemas também. Eu, por exemplo, faço 10 Km a pé até chegar a um terminal eletrônico mas não digito senhas em computadores públicos (faculdade, lan houses, etc.). Uma rede mal configurada também é perigoso.
Mas comparando com o Windows, o Linux é bem mais seguro pra essas coisas.