Cara, você desenterrou esse tópico.
Já resolvi esse problema de usar threads e gtkmm (um bom tempo depois de ter postado).
Para usar a gtkmm, instala a versão de desenvolvimento dela (o pacote libgtkmm-2.4-dev no synaptic).
Depois é só configurar sua IDE com (ou acrescentar no seu makefile) as informações para encontrar os arquivos de cabeçalho .h da gtkmm e linkar com ela. Para isso usa o pkg-config.
pkg-config gtkmm-2.4 --cflags
pkg-config gtkmm-2.4 --libs
Caso queira usar o glade (e eu aconselho), instala o pacote libglademm-2.4-dev e pega as informações com
pkg-config libglademm-2.4 --cflags
pkg-config libglademm-2.4 --libs
Exemplo usando o kdevelop
* Cria um novo projeto hello world
* Vai em Project > Project Options > Configure Options
* No Configure Options você vai ver os campos CPPFLAGS e LDFLAGS
* Coloca `pkg-config gtkmm-2.4 --cflags` no CPPFLAGS
* Coloca `pkg-config gtkmm-2.4 --libs` no LDFLAGS
* Agora é só usar a gtkmm normalmente e criar suas janelas, widgets, etc (consultar documentação da gtkmm)
* Para usar o glade o procedimento é análogo.
Obs: No exemplo acima eu coloquei a chamada ao pkg-config entre sinais de crase. Isso equivale a rodar no terminal e substituir pelo resultado. Bem conveniente.