Se a sua partição do Windows for Fat32 vc pode montar ela (com permissão de leitura e escrita) no Linux e copiar os arquivos normalmente pelo nautilus mesmo.
No entanto, se sua partição windows for ntfs ela só poderá ser montada no Linux como somente leitura (tem um programa para poder ter acesso de escrita, mas ainda é experimental e pode até mesmo perder arquivos).
Então a maneira mais simples, na minha opinião, para o caso de usar ntfs para o windows é copiar os arquivos a partir do windows. Para isso, procura um programa chamado explore2fs. Com ele vc poderá ler seus arquivos do Linux a partir do Windows.