Iniciar:
# /etc/init.d/tomcat5 start
Reiniciar
# /etc/init.d/tomcat5 restart
Parar
# /etc/init.d/tomcat5 stop
(Pode haver diferenças entre versões, mas isso é o básico em todos os serviços do ubuntu)
Caso não estiver como root, lembre-se de usar o sudo no início dos comandos.