Eu estou com esse mesmo problema aqui. O pior que ele ta chegando até desconfigurar algumas coisas aqui, como a resolução do aplicativos (mas o menu principal está normal), isso afeta os aplicativos e os icones do Desktop.
Cliche, eu tinha esse problema antigamente, e a solução que encontrei foi simplesmente de, em vez de clicar no botão direito e soltar, segura ele por mais ou menos 1 segundo até aparecer o menu, então seleciona o que quer.
Comigo acontecia apenas no firefox, e acabei acostumando a fazer isso. Mas depois de um tempo o problema sumiu, acho que quando atualizei o firefox ou o ubuntu.
Tópico: Bug chato do mouse no Gnome/Ubuntu (Lida 9237 vezes)