Com todas as atualizações feitas até o presente momento, inclusive em várias delas tinha o update-manager, as únicas coisas que notei de errado foi essa do notificador de atualizações não estar indicando que tem algo a atualizar e do pacote nautilus-open-terminal que não está abrindo um terminal como root, quando o nautilus já está aberto como root. Já quando o terminal está aberto como usuário normal e eu chamo um terminal com o nautilus-open-terminal ele abre normalmente, não sei se é bug ou alguma questão de segurança.