Tem que abrir como root, chefe, se está usando o Gedit pra isso, basta usar o Terminal e digitar:
"sudo gedit /usr/share/conkyemail/example/conkyEmail.template", editar o que precisa e depois clique em Salvar.
Eu sempre dou como dica instalar os pacotes do Nautilus como python-nautilus, nautilus-open-termial, nautilus-gksu (se for o caso, instalar tudo que é nautilus não sei o que que aparecer, hehehe) para assim ter no menu de ações do botão direito do mouse opções como Abrir Num Terminal, Abrir Como Administrador, que facilita bastante na hora de editar arquivos ou fazer outras coisas, como compilar.