Eu também estou tendo este problema com o meu notebook, com um disco rígido samsung HM160HI. Usando OpenSuse e Fedora, nada de barulhos. Mas no Ubuntu uns estalos podem ser ouvidos durante a utilização.
Realizando o teste de contagens dos ciclos, percebi que eles estão aumentando numa velocidade absurda, numa média de 1 a cada minuto. Mesmo rodando os scripts recomendados, o ubuntu continua fazendo isso. Antes de desistir, busquei pra saber se não é característico do hardware, e pra minha surpresa não é. No Windows Vista (instalado por default no note) os ciclos não aumentaram durante um período de 1 hora de monitoramento, e não sei se aumentaram mais porque parei a monitoração.
Vou retirar o Ubuntu e instalar o OpenSuse e/ou Fedora e executar os testes pra ver se o mesmo acontece. Caso aconteça, terei de abandonar (tomara que temporariamente) o uso do Linux.
Pena, gosto muito do Linux e ainda mais do Ubuntu.
ATUALIZADO:
Estudando o problema, descobri que na versão 8.10 (Intrepid Ibex) o problema do número excessivo de load_cycles pode ser resolvido de uma forma bastante simples:
https://wiki.ubuntu.com/PowerManagementAbrir o arquivo /etc/default/acpi-support
e modificar a linha
"ENABLE_LAPTOP_MODE=false"
para
"ENABLE_LAPTOP_MODE=true"
Até agora a contagem dos ciclos está normal (até melhor que no windows). Ainda preciso medir a temperatura e continuar o uso pra saber se é uma solução temporária ou permanente.