Olha cara,eu faço do jeito mais rápido,entro na pasta onde ta o que quero,clico com o botão direito copio e colo onde eu quero na partição Linux.Eu faço isso tudo pelo Nautilus como root.
Em seguinda eu clico com o botão direito sob o arquivo,e vou dando permissão pra qualquer um fazer o que quiser marcando todas as caixas de opções.Mas eu creio que não seja isso que esteja influenciando,pois se eu colar os arquivos na área de trabalho (/home/diego/Desktop) sem dar as permissões,eu não consigo executar eles,mas o ícone fica como ícone de arquivo de áudio,mas de qualquer forma eu vou tentar fazer o que vc falou,e já trago a resposta.
Aproveitando,como que faço pra pegar uma screen em jpg da tela no Ubuntu?Se eu usar o comando "Print",ele salva a foto com formato PNG,e fica com tamanho enorme,tem como salvar como jpg?Aí eu coloco a foto do ícone na área de trabalho e o mesmo arquivo com ícone diferente em alguma pasta.