Recentemente também tive o mesmo problema, só que o meu atualizou beleza até o final. Como foi uma atualização de kernel, foi pedido pra reiniciar o sistema. Quando fiz isso, o Ubuntu não entrou mais. Na tela do grub apareciam algumas versões de kernel que estavam instalados, inclusive o novo, para escolher, só que nenhum deles funcionavam. Então, reinstalei o Ubuntu de novo e agora está beleza.
Hoje apareceu para atualizar o mesmo kernel do dia em que deu problema, o 2.6.28-13-generic. Foi a primeira versão de kernel que se mostrou incompatível com meu notebook que tem a famigerada placa Via Chrome 9. Agora estou com receio de atualizar.
Como faço para negar essa atualização e o ícone sumir do menu ? Eu sei que dá pra desmarcar e não instalar, mas o ícone não some. Tem alguma configuração que inibe certas atualizações como a do kernel ? Posso deixar de fazer as atualizações de kernel ?