Não, não uso o compiz. Aliás, não sei para que serve.
O interessante é que esse problema não ocorria anteriormente, ou seja, o Kubuntu colocava automaticamente um ícone na barra de tarefas para se fazer as atualizações e agora esse ícone não aparece em nenhum lugar da tela. Apenas aparece a pequena janela, que já mencionei, que dura apenas alguns segundos e depois desaparece.