Este é um problema que estou vendo frequentemente na internet, mas ainda não encontrei uma solução em outros fóruns do brasil e do exterior.
O que consegui foi:
1 - Talvez você esteja tendo problemas com permissão de arquivo. Verifique se você tem acesso à lixeira ou ao ícone.
2 - Verifique se você consegue acessar a lixeira como usuário root
sudo nautilus (menu ir>>lixeira)
3 - Se você quiser deletar os arquivos da lixeira, caso ainda não tenha conseguido, dentro da sua posta home execute o comando:
rm -rf .dcop* .local* - Obs.: Este comando irá deletar todos os arquivos que estiverem na lixeira.
Caso ainda não resolva, digite o comando:
ls -al ~/.Trash
E poste o resultado aqui.