Também tenho, aliás tinha, este problema no Ubuntu 9.04, nem sei se são 3 piii ou dois,
, mas creio que deve ser problema com o módulo
pcspkr que é o responsável por estes piiis.
Resolvi desabilitá-lo assim, abrir um terminal e digita:
sudo modprobe -r pcspkrpara descarregar o módulo e depois:
sudo gedit /etc/modprobe.d/blacklist.confe no final deste arquivo, colocar isso:
blacklist pcspkrassim o módulo
pcspkr que é o responsável pelo piii não irá ser carregado no boot.