Velho eu praticamente quase não uso o aMSN, só configurei para minha filha
mas tipo, nos plugins existe um que é para integração com o desktop
e depois lá nas preferências, dê uma olhada nos aplicativos pois tem como configurar tipo abrir diretório com nautilus etc... etc...,teoricamente habilitando o plugin de integração com o desktop estas opções serão preenchidas.
quanto a tocar os sons neste mesmo lugar tem como configurar um comando...
tente em um terminal testar qual comando vai funcionar, em uma instalação normal do GNOME algum destes vai funcionar de boa.
aplay algum_arquivo_de_som
esdplay algum_arquivo_de_som
espero que te ajude em algo, agora não tenho como ver as configurações.
PS: Achei um screenshot da tela a qual me refiro.
http://hamacker.files.wordpress.com/2008/04/amsn-preferences.png