O evolution não tem uma solução própria para ficar na área de notificação, por isso temos que usar o alltray e realmente teria que fazer esse processo a cada boot.
Mas tem uma maneira mais prática. Notei que posso inicializar o evolution com o comando
alltray evolution
A janela do evolution aparece, mas ele é rapidamente minimizado indo para a área de notificação. Logo, se você colocar esse comando em um script com permissão de execução e rodar o script na inicialização (vai em "Sistema>Preferências>Aplicativos de Sessão" e adiciona o script), então o resultado final deve ser +- o que você procura.