Maioria dos reprodutores de video do ubuntu já fazem isso por padrão. Totem, MPlayer, VLC, etc...
Você pode deixar o video e a legenda com o mesmo nome, daí a legenda já é carregada automaticamente ao abrir o video, ou pode carregar a legenda pelo player mesmo.
No totem por exemplo, basta abrir o video, clicar em View (Visualizar), Select Text Subtitle (Selecionar Legenda).