Você instalou o Ubuntu por dentro do Windows, quando o ideal é formatar e colocar os dois sistemas em partições diferentes. Desse modo, sempre que dá um pau no Windows, o Ubuntu sofre, é uma tristeza. Dê uma pesquisada aqui no fórum, você vai encontrar uma boa quantidade de material referente a formatação e instalação do Ubuntu em dual-boot com o Windows. Claro (a não ser que você já tenha uma partição separada), você terá que fazer backup de suas coisas para formatar o HD.
Qualquer dúvida no processo (se você realmente for fazer), é só dizer que a gente ajuda.
Boa sorte.