ricloff, o responsável pelas bordas da janela é o "Gerenciador de janelas"
o padrão do Gnome é o metacity, a não ser que você instalou algum outro destes novos WM cheio de efeitos...
levando em consideração este problema a qual você se refere, sem um gerenciador de janelas "nenhuma" tecla de atalho do Ambiente gráfico vai funcionar, e algumas outras coisas como as áreas de trabalho virtuais, lista de janelas podem ficar com problemas também.
Solução, abra um terminal e digite
metacity &
vá novamente nas preferências de sessão e veja se ele está rodando com a opção reiniciar, caso o comando do metacity não funcione (isto só vai acontecer se ele foi removido por algum motivo), experimente com outro gerenciador que você tenha instalado o GNOME é compatível com a maioria dos Gerenciadores de janelas.