Master_,
Não sei se entendi corretamente tua dúvida. Vamos, então, por partes.
O que você quer dizer exatamente com "um meio de fazer o HD do Windows rodar como em máquina virtual"? Se o que você quer é criar uma máquina virtual dentro do Linux e, nesta máquina, rodar o mesmo Windows que você tem em outra partição, a resposta é não. Posso estar enganado (não sou da área técnica de Informática) mas, até onde sei, uma máquina virtual simula um computador rodando dentro do Linux. Portanto, ele cria um HD virtual onde o sistema operacional da máquina virtual é instalado (pode ser um Windows, um outro Linux ou qualquer outro SO). Ou seja: é uma instalação nova, não dando para aproveitar nada (ou quase nada) daquele Windows "real" que você já tem.
O que você pode fazer, em uma máquina virtual, é instalar o Windows (vai precisar do CD de instalação porque vai ser igualzinho ao que você faz quando instala o Windows "do zero") e, nesta máquina virtual, instalar os programas Windows que você quer. Não dá para usar as mesmas instalações dos programas (Adobe, etc.) que você já fez no HD do Windows -- de novo: as instalações têm que ser feitas na máquina virtual. Em outras palavras, você vai usar os mesmos programas de instalação do "outro" Windows e eles funcionarão exatamente da mesma forma que eles funcionam no teu Windows atual mas eles serão instalados na máquina virtual que você vai criar. (E aí já vai um alerta: se você for instalar uma bateria muito grande de programas, é bom que, ao criar o HD virtual da tua nova máquina, você deixe bastante espaço para ele poder receber esses programas todos.)
Mas você pode, por outro lado, acessar os discos do Windows ou do próprio Linux de dentro de tua máquina virtual, como se eles fossem discos rodando no teu "desktop Windows virtual". Ou seja, você poderá gravar e ler dados deles e, acho, poderá também instalar programas neles -- basta que, ao ser perguntado onde você quer instalar o programa, informe a pasta daquele HD real. Mas, de qualquer forma, continuará sendo uma instalação nova e não a antiga que você já tem lá no Windows.
Isto tudo é porque você, como eu disse acima, cria "um computador" dentro da tua máquina virtual. Então, o Windows desta máquina virtual tem parâmetros e arquivos diferentes daquele do teu Windows "real" -- e, portanto, tem, entre outras coisas, arquivos de registry diferentes.
Para você acessar teus discos "reais" na tua máquina virtual, é necessário a realização de algumas atividades simples (eu sou usuário "quase leigo" e consegui resolver com facilidade) que dependem do programa de virtualização que você vai usar. Eu uso o VirtualBox mas tem muita gente que prefere o VMWare e outros. Se for usar o VirtualBox, posso te passar o "caminho das pedras" para acessar discos reais na máquina virtual.
Ah, e mais uma coisa: não espere ter, no teu Windows virtual, a mesma performance do Windows real. Esta será menor -- e, em alguns casos, bem menor. Mas tem a enorme vantagem de você poder ir do Linux para o Windows e vice-versa só mudando de janela dentro do Linux -- sem precisar dar um novo boot.
Um abraço.