É que na verdade o GNU/Linux é apenas o Kernel, o núcleo. Esse núcleo se comunica com uma parte que cuida da conexão, com outra parte que cuida dos aplicativos, outra parte que cuida da leitura e escrita dos dados no hd, etc... e outra parte que cuida da área visual.
Esse conceito existe em outros sistemas também (windows, mac), mas no windows ele se perde porque no final é tudo "windows", enquanto que no linux são equipes diferentes que cuidam dessas partes.
Então, no final das contas uma distro faz um apanhado dessas partes, considerando o que se encaixa melhor na filosofia daquela distribuição. No caso do ubuntu, escolheram usar o Gnome por padrão. Mas como sempre foi dada liberdade pro usuário escolher o que quer, então é bem fácil trocar por outro.
Resumindo: o gnome é apenas uma camada superficial que se encarrega do modo como as janelas/barras/desktop são mostrados no seu computador.