siemarley,
Bom dia. Ao que parece, houve alguma falha de comunicação em dispositivos ATA.
[0.544002]...MP-Biosbug: 8254 timer not connected to IO-Apic
[2.336010] ata1: soft reset failed (device not ready)
modprobe: Fatal: Could not load /lib/modules/2.6.28-11-generics/modules.dep: No such file or directory
Teu HDD é SATA ou IDE (ATA)? E teu drive óptico?
Pode ser que o problema esteja na mídia, também (acontece frequentemente). Chegaste a fazer o teste de MD5?
Outra alternativa, se por ventura teu HDD for SATA mas teu drive óptico for IDE, por exemplo, seria tentar rodar o sistema a partir de um dispositivo de memória flash (pen drive, mp3 player, ou algo do gênero). Recomendo para isso o Unetbootin -
http://unetbootin.sourceforge.net/ - aplicação que prepara o dispositivo com esse intuito e funciona em ambiente Windows e Linux.
Um abraço!!